Bütçe ve Planlama Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:
1. Genel Müdürlüğün bütçe ile ilgili iş ve işlemlerini yürütmek.
2. Bütçe ilke ve esasları çerçevesinde ödeneklerin gönderilmesini sağlamak.
3. Bütçe tertipleri arasında aktarma yapılması işlemlerini yürütmek.
4. Merkezi bütçe, döner sermaye bütçesi, yurt içi ve yurt dışı kredi, hibe ve benzeri bütçe kaynaklan ile gerçekleştirilecek yatırımları planlamak, genel bütçe veya dış finansman kaynaklarından ihalesi gerçekleştirilerek sözleşmeye bağlanan yapım işleri, mal ve hizmet alımı ile danışmanlık hizmet alımı işlerinde, gerçekleşen geçici veya kesin hakediş raporlarına ve faturalara göre ödeme emri belgesini düzenlemek, onay sürecini takip etmek.
5. Bakanlığın diğer icracı birimleri ile birlikte yatırım planlama çalışmalarını yapmak.
6. Genel Müdürlüğün yatırım tekliflerini Strateji Geliştirme Başkanlığı ile birlikte yürütmek.
7. Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığına sunulan yatırım tekliflerine ilişkin iş ve işlemleri yürütmek.
8. İhtiyaç duyulan sağlık yapılarını, Hazinenin özel mülkiyetinde bulunan arazi ve arsaların devri karşılığında veya bedeli Bakanlık bütçesinin ilgili tertiplerine bu amaçla konulan ödeneklerden veya döner sermaye gelirlerinden karşılanmak üzere düzenlenecek protokol esasları çerçevesinde Toplu Konut İdaresi Başkanlığına veya inşaat işleri ile ilgili araştırma, proje, taahhüt, finansman ve yapım işlemleri konusunda görevli ve yetkili kamu tüzel kişiliğine sahip diğer kurum ve kuruluşlara doğrudan yaptırılacak sağlık yatırımlarını belirlemek.
9. Bakanlık ile diğer bakanlıklar veya kamu kurum ve kuruluşları arasında imzalanan protokol çerçevesinde yapılan işlerle ilgili ödemeleri yapmak.
10. Ödeme emri düzenlendikten sonra ödeme ile ilgili tüm evrakları Merkez Saymanlık Müdürlüğüne veya Döner Sermaye Saymanlık Müdürlüğüne göndermek.
11. Görev alanına giren konulara ilişkin açılan dava, soruşturma ve icra takiplerinde ara kararı veya müzekkere ile istenen bilgi ve belgeleri süresi içinde Yatırım İzleme ve Geliştirme Daire Başkanlığına göndermek.