Bütçe ve Planlama Başkanlığının görev, yetki ve sorumlulukları şunlardır:
1) Genel Müdürlüğün bütçe ile ilgili iş ve işlemlerini yürütmek,
2) Bütçe ilke ve esasları çerçevesinde ödeneklerin gönderilmesini sağlamak,
3) Bütçe tertipleri arasında aktarma yapılması işlemlerini yürütmek,
4) Merkezi Bütçe, Döner Sermaye Bütçesi, Yurtiçi ve Yurtdışı kredi/hibe/vb. bütçe kaynakları ile gerçekleştirilecek yatırımları planlamak, Genel Bütçe ve/veya Dış Finansman kaynaklarından ihalesi gerçekleştirilerek sözleşmeye bağlanan yapım işleri, mal ve hizmet alımı ile danışmanlık hizmet alımı işlerinde, gerçekleşen geçici veya kesin hakediş raporlarına ve faturalara belgesini düzenlemek, onay sürecini takip etmek,
5) Bakanlığın diğer icracı birimleri ile birlikte yatırım planlama çalışmalarını yapmak,
6) Genel Müdürlüğün yatırım tekliflerini Strateji Geliştirme Başkanlığı ile birlikte yürütmek,
7) Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığına sunulan yatırım tekliflerine ilişkin iş ve işlemleri yüıütmek,
8) İhtiyaç duyulan sağlık yapılarını, Hazine'nin özel mülkiyetinde bulunan arazi ve arsaların devri karşılığında ve/veya bedeli Sağlık Bakanlığı bütçesinin ilgili tertiplerine bu amaçla konulan ödeneklerden, veya döner sermaye gelirlerinden karşılanmak üzere düzenlenecek protokol esasları çerçevesinde Toplu Konut İdaresi Başkanlığı'na veya inşaat işleri ile ilgili araştırma, proje, taahhüt, finansman ve yapım işlemleri konusunda görevli ve yetkili kamu tüzel kişiliğine sahip diğer kurum ve kuruluşlara doğrudan yaptırılacak sağlık yatırımlarını belirlemek,
9) Bakanlık ile diğer bakanlıklar ve / veya kurumlar (TOKİ, KGM, belediye vb.) arasında imzalanan protokol çerçevesinde yapılan işlerle ilgili ödemeleri yapmak,
10) Ödeme emri düzenlendikten sonra ödeme ile ilgili tüm evrakları Merkez Saymanlık Müdürlüğüne ve/veya Döner Sermaye Saymanlık Müdürlüğüne göndermek,
11) Görev alanına giren konularda açılan davalara ilişkin, ilgili mahkeme tarafından istenilen bilgi ve belgeleri yasal süresi içinde Hukuk ve Mevzuat Daire Başkanlığına göndermek veya Hukuk ve Mevzuat Daire Başkanlığı ile koordineli olarak ilgili mahkemeye ulaştırmak,
12) Görev alanına giren tüm iş ve işlemlerle ilgili bilgi, belge ve dokümanları muhafaza etmek, YTS (Yatırım Takip Sistemi) girişlerini eksiksiz ve zamanında yapmak, mevzuata uygun arşivlemek ve denetim mekanizmalarına karşı bilgi ve belge sunmak,
13) Görevleri kapsamında gerçekleştirdikleri faaliyetler hakkında, koordinasyon sağlamak amacıyla ilgili daire başkanına veya daire başkanlıklarına bildirimde bulunmak,
14) İmza yetkileri yönergesi ve yetki devri çerçevesinde ilgili tüm kurum ve kuruluşlar ile yazışmaları yapmak,
15) Genel Müdür ve ilgili Genel Müdür Yardımcısı tarafından verilen diğer görevleri yerine getirmek.