Genel Müdürlükçe belirlenecek hizmet bölgesindeki yatırımlar ile ilgili İnşaat Uygulama Daire Başkanlığı 3 'ün görevleri şunlardır:
1. İhale Daire Başkanlığınca temini gerçekleştirilerek sözleşmesi yapılmış ve dosyası devredilen yapım işlerinin veya danışmanlık hizmet alım işlerinin süresi içinde yer teslimini yaparak işe başlatmak, yapı ruhsat süreçlerini yürütmek.
2. Yüklenici tarafından inşaat süresince gerçekleştirilen işleri; ihale dokümanına, sözleşme ve eklerine, uygulama projelerine, teknik şartnamelere, her türlü fen ve sanat kaidelerine ve ilgili mevzuata göre doğrudan veya danışman vasıtasıyla denetlemek.
3. Danışmanlık hizmet alım işlerine ilişkin olarak danışman tarafından gerçekleştirilen işleri, sözleşme ve ekleri ile ilgili mevzuata göre denetlemek ve onaylamak.
4. Sözleşmesi imzalanmış yapım işlerine ilişkin olarak yüklenici tarafından hazırlanan iş programlarını sözleşme ve eklerine göre incelemek, kontrol etmek ve onaylamak.
5. Danışmanlık hizmet alım işlerine ilişkin olarak danışman tarafından hazırlanan iş programları ve teknik personel değişikliğini, sözleşme ve eklerine göre incelemek, kontrol etmek ve onaylamak.
6. Sözleşmesi imzalanmış yapım işlerine ilişkin olarak yüklenici tarafından seçilen malzemeleri teknik şartnameye, ilgili standartlara ve idare uygulamalarına göre incelemek, kontrol etmek ve onaylamak.
7. Yapım işlerinin uygularıması sırasında; zemin etüdü, statik değişiklikler ve her türlü zorunlu proje değişiklikleri sebebiyle ortaya çıkan ve sözleşmesinde birim fiyatı bulunmayan yeni iş kalemlerine veya iş gruplarına dair yeni birim fiyatlarını bir komisyon aracılığıyla, uygulama birliğini sağlamak ve Bakanlık birim fiyatlarını oluşturmak amacıyla incelemek, kontrol etmek, onaylamak, arşivlemek ve ilgili daire başkanlıklarına bildirmek.
8. İnşaat uygulaması sırasında zemin etüdü, statik değişiklikler ve ortaya çıkan her türlü zorunlu proje ve imalat değişiklikleri, müelliflik haklarını da gözeterek, gerekli proje revizyonlarını yaptırmak, incelemek, kontrol etmek ve onaylamak.
9. Onaylı revize projelere göre değişiklik için gerekli süre uzatımı ve ilave iş artışı veya eksilişi tutarını bir komisyon aracılığı ile hesaplamak ve onaylamak.
10. Sözleşmesi imzalanmış yapım işlerine ilişkin olarak yüklenici tarafından gerçekleştirilen işlerin hakedişleri sözleşme ve ekleri ile ilgili mevzuata göre hazırlamak, onay süreçlerini tamamlamak ve ödenmesi için hakedişleri Bütçe ve Planlama Daire Başkanlığına göndermek.
11. Danışmanlık hizmet alım işlerine ilişkin olarak danışman tarafından gerçekleştirilen işlerin hakedişleri sözleşme ve ekleri ile ilgili mevzuata göre hazırlamak, onay süreçlerini tamamlamak ve ödenmesi için hakedişleri Bütçe ve Planlama Daire Başkanlığına göndermek.
12. Yüklenicilere ait kesin teminat geçerlilik sürelerini takip etmek, gerektiğinde vade uzatımlarını sağlamak.
13. Bakanlık ile diğer bakanlıklar veya kamu kurum ve kuruluşları arasında imzalanan protokoller çerçevesinde yürütülen sağlık yatırımlarını Genel Müdürlükçe belirlenen periyotlarda gözlemlemek.
14. Yapımı tamamlanan binalara ilişkin olarak uygulama sırasında yapılmış bütün değişiklikleri de içeren ve işin bitmiş durumunu gösteren nihai (as-built) projelerini yükleniciye bedelsiz olarak hazırlatmak ve orijinalleri ile birlikte muhataplarına tutanak ile teslim etmek
15. Genel bütçe ile tamamlanan yapım işlerinin veya buna dair danışmanlık hizmet alım işlerinin geçici kabulünü sözleşme ve ekleri ile ilgili mevzuata göre yapmak, bunun için komisyon kurmak, bunların kesin hesaplarının tanzim ve tetkikinin yapılması işlemlerini yürütmek ve onaylamak, kesin kabullerini sözleşme ve ekleri ile ilgili mevzuata göre yapmak, bunun için komisyon kurmak.
16. Sözleşmesi imzalanmış tesislerin ihtiyaç duyduğu elektrik, doğalgaz, telekom, su ve benzeri altyapıların arazi sınırına kadar getirilmesi için ilgili kamu kuruluşları veya tüzel kişilerle gerekli işlemleri yürütmek ve resmi aboneliklerin yapılmasını sağlamak.
17. Görev alanına giren konulara ilişkin açılan dava, soruşturma ve icra takiplerinde ara kararı veya müzekkere ile istenen bilgi ve belgeleri süresi içinde Yatırım İzleme ve Geliştirme Daire Başkanlığına göndermek.